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Vigilancia genómica del SARS CoV-2 desde la Universidad de Concepción

En Chile existen las capacidades para poder implementar un programa de vigilancia genómica a lo largo y ancho del territorio, tal cual se hace actualmente en otros países como Alemania e Inglaterra, por nombrar algunos. E

En este contexto, durante el año 2020 la Sociedad de Genética de Chile (Sochigen) y el Consorcio Genomas Cov2 impulsan la creación de una red de laboratorios genómicos, muy similar a la red de laboratorios de PCR de Covid-19.

El Dr. Felipe Aguilera, miembro activo de la Sochigen, además de académico del Departamento de Bioquímica y Biología Molecular de la Facultad de Ciencias Biológicas de la Universidad de Concepción (UdeC) e investigador principal del LGMDE, es quien lideró las gestiones del laboratorio para sumarse a este estudio del Covid-19.

No se trata de solo realizar estudios genómicos conducentes para determinar las variantes del virus que podrían estar circulando en la región, sino de “aportar en el proceso de generación de políticas públicas en torno a esta pandemia”, comentó.

A la fecha, 12 mil mutaciones del SARS CoV-2 se han detectado en todo el mundo. Se habla de al menos 15 variantes del virus que estarían circulando en la vecina Región del Biobío y desde marzo del año pasado ya se han detectado 329 genomas distintos. Por tanto, contar con esa información se torna en esencial, puesto que así “los laboratorios fabricantes de vacunas, especialmente las basadas en tecnología de ARN, pueden implementar modificaciones para incrementar su efectividad ante una variante del virus más letal o contagiosa”, añadió el Dr. Aguilera.

“Como LGMDE tenemos los conocimientos y capacidades analíticas, por lo tanto, los posibles impactos que podríamos hacer como laboratorio en diferentes aristas de esta pandemia es un hecho bien estimulante para nosotros”, detalló.

El año pasado el laboratorio, en una alianza estratégica con el Centro de Biotecnología de la UdeC, se adjudicó un proyecto FONDEQUIP, con el cual buscan implementar una plataforma de secuenciación en tiempo real y un servidor bioinformático para análisis de datos ómicos. En estos momentos están en proceso de adquisición del equipamiento para incorporarse a la red de vigilancia genómica durante el segundo semestre del presente año.

Si bien el proyecto FONDEQUIP no fue postulado para esto, las circunstancias actuales y la gran versatilidad del equipamiento lo hacen factible para poder usarlo en secuenciación de genomas virales. La Dra. Roxana Pincheira, directora de Investigación de la Facultad de Ciencias Biológicas, agregó que “cuando se habla de ciencia y experimentación uno no puede cerrarse, menos en el uso de los equipamientos. La experiencia nos demuestra que los objetivos de los proyectos generalmente cambian en el tiempo y que muchas veces debemos tomar caminos no pensados previamente”.

Agregó que la pandemia ha cambiado las prioridades en la investigación a nivel mundial y aportar desde la región, donde la capacidad científica está, se torna relevante para conocer las mutaciones, variantes y evolución del virus a medida que se transmite en la población.

Análisis

Con miras a analizar hasta 360 muestras semanales, en un trabajo coordinado con seis universidades, desde Antofagasta a Punta Arenas, la secuenciación, ensamblaje y almacenamiento de los genomas del virus SARS-CoV-2 serán entregados al Ministerio de Salud y depositados en la plataforma internacional de acceso abierto conocida como GISAID. Esta plataforma fue creada en el 2008 para compartir datos del virus de la influenza, pero actualmente está siendo utilizada para compartir la información relacionada con el SARS-CoV-2, lo que permite entender mejor cómo se comporta y evoluciona este virus.

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